Coronavirus-oorsprong: genoomanalyse suggereert dat twee virussen mogelijk zijn gecombineerd

Afbeelding via Michal Ico / Unsplash

Dit artikel van Alexandre Hassanin is hier opnieuw gepubliceerd met toestemming van Het gesprek ​Deze inhoud wordt hier gedeeld omdat het onderwerp de lezers van Snopes kan interesseren, maar het vertegenwoordigt niet het werk van de factcheckers of editors van Snopes.




In een paar weken tijd hebben we allemaal veel geleerd over COVID-19 en het virus dat het veroorzaakt: SARS-CoV-2. Maar er zijn ook veel geruchten. En hoewel het aantal wetenschappelijke artikelen over dit virus toeneemt, zijn er nog steeds veel grijze gebieden over de oorsprong ervan.



Bij welke diersoorten kwam het voor? Een vleermuis, een schubdier of een andere wilde soort? Waar komt het vandaan? Uit een grot of een bos in de Chinese provincie Hubei, of ergens anders?

massale schietpartijen sinds Obama aantrad

In december 2019 passeerden 27 van de eerste 41 mensen die in het ziekenhuis werden opgenomen (66%) een markt in het hart van de stad Wuhan in de provincie Hubei. Maar volgens a studie uitgevoerd in het Wuhan-ziekenhuis , het allereerste menselijke geval dat werd geïdentificeerd, kwam niet vaak op deze markt voor. In plaats daarvan, een schatting van de moleculaire datering op basis van de genomische sequenties van SARS-CoV-2 geeft een oorsprong in november aan. Dit roept vragen op over het verband tussen deze COVID-19-epidemie en dieren in het wild.



Genomische gegevens

De SARS-CoV-2-genoom werd snel gesequenced door Chinese onderzoekers. Het is een RNA molecuul van ongeveer 30.000 basen met 15 genen, waaronder het S-gen dat codeert voor een eiwit dat zich op het oppervlak van de virale envelop bevindt (ter vergelijking: ons genoom heeft de vorm van een dubbele helix van DNA van ongeveer 3 miljard basen groot en bevat ongeveer 30.000 genen).

Comparatief genomische analyses hebben aangetoond dat SARS-CoV-2 behoort tot de groep van Betacoronavirussen en dat het heel dichtbij is SARS-CoV , verantwoordelijk voor een epidemie van acute longontsteking die in november 2002 in de Chinese provincie Guangdong opdook en zich vervolgens in 2003 naar 29 landen verspreidde. In totaal werden 8.098 gevallen geregistreerd, waaronder 774 doden. Het is bekend dat vleermuizen van het geslacht Rhinolophus (mogelijk verschillende grottensoorten) waren de reservoir van dit virus en dat een kleine vleeseter, de palm civet ( Paguma larvata ), heeft mogelijk gediend als een tijdelijke gastheer tussen vleermuizen en de eerste menselijke gevallen.

Sindsdien zijn er veel Betacoronavirussen zijn ontdekt, voornamelijk bij vleermuizen, maar ook bij mensen. Bijvoorbeeld RaTG13, geïsoleerd uit een vleermuis van de soort Rhinolophidae gerelateerd verzameld in de Chinese provincie Yunan, is onlangs beschreven als zeer vergelijkbaar met SARS-CoV-2, met genoomsequenties identiek aan 96% ​Deze resultaten geven aan dat vleermuizen, en in het bijzonder soorten van het geslacht Rhinolophus , vormen het reservoir van de SARS-CoV- en SARS-CoV-2-virussen.



Een, Rhinolophidae gerelateerd
Alexandre HassaninAuteur voorzien

Maar hoe definieer je een reservoir? Een reservoir is een of meerdere diersoorten die niet of niet erg gevoelig zijn voor het virus, die van nature een of meerdere virussen herbergen. De afwezigheid van symptomen van de ziekte wordt verklaard door de effectiviteit van hun immuunsysteem, waardoor ze te veel virale proliferatie kunnen bestrijden.

Recombinatiemechanisme

Op 7 februari 2020 kwamen we erachter dat er een virus was ontdekt dat nog dichter bij SARS-CoV-2 lag in schubdier. Met 99% van genomische concordantie gerapporteerd , suggereerde dit een waarschijnlijker reservoir dan vleermuizen. Een recent onderzoek onder herziening laat zien dat het genoom van het coronavirus geïsoleerd uit de Maleisische pangolin ( Manis javanica ) lijkt minder op SARS-Cov-2, met slechts 90% genomische concordantie. Dit zou erop duiden dat het virus dat is geïsoleerd in het schubdier niet verantwoordelijk is voor de COVID-19-epidemie die momenteel woedt.

Het uit schubdier geïsoleerde coronavirus is echter vergelijkbaar met 99% in een specifiek gebied van het S-eiwit, wat overeenkomt met de 74 aminozuren die betrokken zijn bij het ACE-receptorbindende domein (Angiotensin Converting Enzyme 2), het domein waardoor het virus kan binnendringen. menselijke cellen om ze te infecteren. Daarentegen is het virus RaTG13 geïsoleerd uit bat R. gerelateerd is sterk uiteenlopend in deze specifieke regio (slechts 77% van de overeenkomst). Dit betekent dat het coronavirus dat is geïsoleerd uit schubdier, menselijke cellen kan binnendringen, terwijl het virus geïsoleerd uit vleermuis R. gerelateerd is niet.

Bovendien suggereren deze genomische vergelijkingen dat het SARS-Cov-2-virus het resultaat is van een recombinatie tussen twee verschillende virussen, het ene dicht bij RaTG13 en het andere dichter bij het pangolin-virus. Met andere woorden, het is een hersenschim tussen twee reeds bestaande virussen.

Een coronavirus van de schubdier zou een van de bronnen kunnen zijn voor COVID-19.
Wildlife Alliance / FlickrCC BY

Dit recombinatiemechanisme had al beschreven in coronavirussen, in het bijzonder om de oorsprong van SARS-CoV te verklaren. Het is belangrijk om te weten dat recombinatie resulteert in een nieuw virus dat mogelijk een nieuwe gastheersoort kan infecteren. Om recombinatie te laten plaatsvinden, moeten de twee divergente virussen tegelijkertijd hetzelfde organisme hebben geïnfecteerd.

Twee vragen blijven onbeantwoord: in welk organisme vond deze recombinatie plaats? (een vleermuis, een schubdier of een andere soort?) En vooral, onder welke voorwaarden vond deze recombinatie plaats?


Alexandre Hassanin , Associate Professor (HDR) bij Sorbonne University, ISYEB - Institute of Systematics, Evolution, Biodiversity (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Nationaal natuurhistorisch museum (MNHN)

Dit artikel is opnieuw gepubliceerd vanaf Het gesprek onder een Creative Commons-licentie. Lees de origineel artikel

Amazon Prime stijgt in prijs